從1996年到1998年，黃創辦人在哈佛大學費正清中心擔任訪問學人。當時的兩岸關係基本上是對立的、緊張的，台研會經由兩岸民主化系列研討會，探索出「哈佛模式」；「哈佛模式」也延續到LSE。從哈佛到LSE的研討會，大多從歷史與學術的角度，探討現實的政治議題。

　在這一段期間，台研會對兩岸的做法是謹慎的、曲折的。

　2008年，台灣第二度政黨輪替，馬政府揭開兩岸關係的新局面。從經貿到教育到文化的交流，都寫下兩岸六十多年來前所未有的高峰。在這種新的背景下，台研會並不追求「一窩蜂」，仍然謹慎而行，一面關心已成為兩岸關係重要元素的台商議題，一面則堅持台灣主體性，並從台研會比較熟悉的歷史文化切入，尋找兩岸互動的有效連結。

　2013年，台研會和大陸文促會第一次共同舉辦「蔣渭水先生思想與事跡」研討會，這個「第一次接觸」，台研會希望蔣渭水世代的歷史故事和精神遺產，將可成為未來兩岸和平友好交流的有效連結。

系列會議

一、兩岸民主系列研討會(與哈佛大學費正清中心合辦)

1997年 第一屆 「兩岸基層選舉與政治社會變遷」議程下載
1998年 第二屆 「兩岸黨國體制與民主發展」議程下載
1999年 第三屆 「民族主義與兩岸關係」議程下載
2001年 第四屆 「兩岸的公民社會、社會運動與民主發展」議程下載

二、兩岸系列研討會(與英國倫敦政經學院(LSE)亞洲研究中心合辦)

2002年 「華人世界的現代國家結構」議程下載
2010年 「文明性與和平對話」議程下載

三、台商相關議題研討會

1. 「大陸台商與台灣金融業發展」研討會議程下載
2. 「台商與台灣資本市場」研討會議程下載

四、蔣渭水先生思想與事跡研討會(與大陸的中華文化發展促進會合辦，於北京議程下載